Les verrières se répartissent en trois catégories: les fenêtres basses racontent des histoires de vies de saints ou des récits tirés de l'Écriture sainte. Les fenêtres hautes énumèrent des figures de saints traitées de manière monumentale. Enfin les trois grandes roses sont d'immenses visions synthétiques : Jugement dernier à l'occident, Ancienne Alliance au nord, l'Apocalypse au sud. Ces trois séries ont des fonctions différentes adaptées à leur répartition dans l'espace: les figures monumentales, destinées à être vues de loin, accompagnent la marche des pèlerins comme une procession solennelle ; les verrières légendaires du bas décomposent leurs récits édifiants en une succession de petits panneaux destinés à raviver la piété populaire, tandis que les roses tournoient dans les façades pour rassembler, de manière visionnaire, les grands temps de l'histoire.
La disposition des figures et des vies de saints suit un ordre complexe dont les chanoines ont dû savamment peser la logique. Ils connaissent bien les traditions qui règlent la disposition symbolique des motifs à l'intérieur des églises (par exemple les thèmes de mort et de passion se trouvent de préférence au nord, les thèmes de résurrection au sud, côté du soleil et de la vie). Ils veulent aussi tenir compte des exigences du culte des reliques et des emplacements d'autels secondaires consacrés à tel ou tel saint. Ils privilégient enfin des séries d'associations spirituelles qui lient entre elles certaines catégories de saints. Dans la partie basse on lit ces vitraux comme un livre qui commence, au bas-côté nord, par la Genèse et la première alliance de Dieu avec l'humanité symbolisée par Noé, et s'achève, au sud, dans le vitrail qui lui fait face racontant la vie de saint Jean, l'écrivain de l'Apocalypse, temps de la Révélation ultime. Ce parcours culmine, au centre, dans la chapelle axiale, par l'exposé de l'appel des disciples et donc de la constitution de l'Église, corps du Christ.
La volonté de magnifier l'Église vivante se double, à l'étage supérieur, d'une glorification parallèle de l'Église mystique. La fenêtre d'axe de l'abside y est consacrée en effet à la Vierge, trône de la Sagesse divine, contemplée de part et d'autre par des chérubins, anges adorateurs qui dans l'Ancienne Alliance avaient pour fonction de garder l'Arche sainte. Ainsi la nouvelle arche d'alliance se trouve-t-elle entourée de ceux qui ont préfiguré sa virginité (Moïse et le Buisson ardent, Aaron et la verge fleurie), qui ont annoncé sa venue (Daniel et Jérémie d'un côté, Ézéchiel et David de l'autre), qui ont reconnu son autorité messianique (saint Jean-Baptiste) et servi de pierre angulaire à la construction nouvelle (saint Pierre).